医学科に入学した場合、理学部への転部の可能性はありますが逆は不可能なので、迷われるなら医学科ですかね。
（医学科への合格可能性と理学部への合格可能性が同程度に確からしいとして）

https://www.gssc.kyoto-u.ac.jp/counsel/students.html